Regulación Génica por RNA en Rizobios (IP: José Ignacio Jiménez Zurdo)

Regulación génica por RNA en rizobios

Nombre del grupo o línea de investigación: Regulación Génica por RNA en Rizobios

IP: José Ignacio Jiménez Zurdo

Researcher ID: P-6474-2014

ORCID: 0000-0002-6378-2199

Adscripción: Departamento de Microbiología del Suelo y Sistemas Simbióticos, Estación Experimental del Zaidín (CSIC)

Página web: http://www.eez.csic.es/es/estructura-dinamica-y-funcion-de-genomas-de-rizobacterias

Descripción de los objetivos y líneas de trabajo:

El objetivo general de esta línea de investigación es estudiar la función de los RNAs bacterianos no codificantes de proteínas en la regulación de la expresión génica durante el establecimiento de las simbiosis entre los rizobios y las plantas leguminosas. Utilizando como modelo el simbionte de alfalfa Sinorhizobium meliloti los objetivos y líneas de trabajo específicos son los siguientes:

  1. Caracterizar el transcriptoma de S. meliloti en cuanto a su contenido en RNAs no codificantes de biogénesis, función y mecanismos de actividad diversos.

  2. Evaluar la conservación de estos transcritos en α–proteobacterias filogenéticamente relacionadas y en particular en otras especies de rizobios mediante genómica comparada.

  3. Estudiar la función y mecanismo de acción de los RNAs de interés mediante abordajes genéticos, bioquímicos y genómicos complementarios.

  4. Identificar y caracterizar la función en ribo-regulación de proteínas implicadas en el metabolismo del RNA como chaperonas y ribonucleasas.

Publicaciones representativas recientes:

  1. Saramago, M., Peregrina, A., Robledo, M., Matos, R.G., Hilker, R., Serrania, J., Becker, A., Arraiano, C.M., and Jiménez-Zurdo, J.I. 2017. Sinorhizobium meliloti YbeY is an endoribonuclease with unprecedented catalytic features, acting as silencing enzyme in riboregulation. Nucleic Acids Res. 45, 1371-1391.

  2. Torres-Quesada, O., Reinkensmeier, J., Schlüter, J.P., Robledo, M., Peregrina, A., Giegerich, R., Toro, N., Becker, A., and Jiménez-Zurdo, J.I. 2014. Genome-wide profiling of Hfq-binding RNAs uncovers extensive post-transcriptional rewiring of major stress response and symbiotic regulons in Sinorhizobium meliloti. RNA Biol. 11, 563-579.

  3. Jiménez-Zurdo, J.I., Valverde, C., and Becker, A. 2013. Insights into the noncoding RNome of nitrogen-fixing endosymbiotic α-proteobacteria. Mol. Plant-Microbe Interact. 26, 160-167

  4. del Val, C., Romero-Zaliz, R., Torres-Quesada, O., Peregrina, A., Toro, N., and Jiménez-Zurdo, J.I. 2012. A survey of sRNA families in α-proteobacteria. RNA Biol. 9, 119-129.

  5. del Val, C., Rivas, E, Torres-Quesada, O., Toro, N., and Jiménez-Zurdo, J.I. 2007. Identification of differentially expressed small non-coding RNAs in the legume endosymbiont Sinorhizobium meliloti by comparative genomics. Mol. Microbiol. 66, 1080-1091.

Miembros del grupo

José I. Jiménez Zurdo (IP)

Marta Robledo Garrido (PostDoc Juan de la Cierva)

Natalia Isabel García Tomsig (Estudiante de doctorado)

Alejandro F. Uceta Gamaza (Estudiante de doctorado)

Ascensión Martos Tejera (Técnico)

Técnicas y métodos destacados en la investigación

  • Genética molecular bacteriana
  • Análisis genómico
  • RNAseq

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